崇祯十一年九月二十二日，京畿兵灾再起！清军集兵十万，浩浩荡荡再次入寇京畿。
京畿的百姓，又遭受了一次家破人亡的兵灾之苦。
清军分二路：以睿亲王多尔衮为奉命大将军，统左翼兵，贝勒豪格、阿巴泰为副将；贝勒岳托为扬武大将军，统右翼兵，贝勒杜度为副将。两路清军分道伐明，从墙子岭、青山口越过长城杀入京畿。
明蓟辽总督吴阿衡、总兵鲁宗文力战不敌，战败而死。总兵吴国俊、监军太监郑希诏逃走。清军遂长驱直入，兵屯于京郊顺义县牛栏山。
天子朱由检接到消息，无比震惊，下令京师戒严。其后，朱由检再下旨诏宣大总督卢象升及总兵杨国柱、王朴、虎大威及总兵以下率诸军入卫。
九月二十五日，朱由检在乾清宫召见兵部尚书杨嗣昌，讨论局势。
朱由检很信任杨嗣昌，可以说是倚为干城。
杨嗣昌去年提出四正六隅十面张网灭贼之策，如今已经取得了效果。去年八月，熊文灿率领李植大败六家流贼联军，斩首近四万，浮尸十里。三月，总督洪承畴令曹变蛟与贺人龙率兵在洮州大败李自成，李自成率残军逃入山中，潜伏不敢出。四月初熊文灿率左良玉、黄得功再败罗汝才。四月中旬，数次被熊文灿击败的张献忠托总兵陈洪范求情于熊文灿，求得一条生路，于谷县投降。
杨嗣昌上任兵部尚书一年来，虽然增加了田赋加重了农民负担，但也沉重地打击了流贼，让平贼的形势一片大好。朱由检很自得于自己用人的眼光，对杨嗣昌更加倚重。
杨嗣昌听到朱由检的召唤，快马赶到了皇城外，一路小跑进了乾清宫。进了乾清宫，他一看见朱由检，就大礼匍匐在地，喊道：“杨嗣昌拜见圣上！”
朱由检说道：“杨卿请起！赐座！”
杨嗣昌这才恭恭敬敬地站起来，拿半个屁股坐在太监搬过来的椅子上。他前倾着身子，一副随时听天子训导的模样。
他的这种姿态让朱由检很舒服，这杨嗣昌就是和其他的文官不一样。他不但能够任事，而且忠心耿耿，是个值得大用的人才。
崇祯初年时候，朱由检就曾经大用杨嗣昌的父亲杨鹤，杨鹤当时力主招抚流贼，结果流贼时降时叛，最后杨鹤被充军戍边。没想到过了几年，朱由检又发现杨鹤的儿子杨嗣昌人才了得，其才足以平定天下。
此时清军入关，情势危及，朱由检也不和杨嗣昌客套了，上来就问道：“如今东奴再次入寇，杨卿以为该当如何？”
杨嗣昌看了看天子的脸色，恭敬说道：“臣以为，如今流贼之患，正若顽疾发于腹心。东奴之祸，譬如急症发于肩臂。肩臂虽重要，但腹心之祸更加可怕，一日不治愈，便有气血干枯流尽之险！”
朱由检问道：“杨卿的意思是？”
杨嗣昌看了看天子，说道：“攘外必先安内，臣提议当先和东奴款和，歼灭流贼后，再回来对付东奴。”
听到杨嗣昌的话，朱由检愣了愣，一时陷入沉吟。
见天子沉吟不语，站在一边的内侍太监高起潜上来说道：“皇爷，如今我大明内外两线作战，兵力捉衿见肘。刚打了流贼，东奴又来。刚逼退东奴，流贼又起来了。如今之计，只有先和东奴议和，把流贼先剿灭了，才能把兵力抽回来，回过头来打败东奴。”