李渊看到桥公山和尔朱焕的奏折后，顿时大怒，立即以别的事情为借口，写了亲笔诏书传召李建成，让他前往仁智宫。
李建成这时已从妃嫔处得知，他这时被桥公山和尔朱焕告发了，所以心中害怕，不敢前去。
太子舍人徐师谟这时劝李建成占据京城，发兵起事，但詹事主簿赵弘智却劝李建成免去太子的车驾章服，屏除随从人员，主动到李渊那里去承认罪责。
李建成在思考多时后，最终还是决定前往仁智宫，发兵举事这种事，风险实在太大，在这仓促之下，李建成觉得胜算太小，所以才没有采纳。
还没有走完六十里的路程，李建成便将所属官员，全部留在沿途的堡栅中，只带了十多个人骑马前去进见李渊，向李渊伏地叩头，承认罪责，期间把身子猛然用力撞了出去，弄得几乎晕死过去。
但是，李渊的怒气仍然没有消除。这一天夜里，李渊将他放在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他，派遣司农卿宇文颖速去传召杨文干。
同时，李建成也让殿中监陈福派人向杨文干传信，让杨文干稍安勿躁，等过几天后，他让李渊的怒气消了之后，一切便都好说。李渊的性情如何，李建成的心里是十分清楚的。
然而陈福派去的信使却走在半路之时，将信件莫名的丢失了，所骑之马也被马贼所偷，所以许久后未能到达庆州。
而司农卿宇文颖来到庆州后，将事情的原委全都告诉了杨文干，并向杨文干道：“陛下召杨都督前去仁智宫，肯定是要将杨都督关押候审的，而太子又已被囚禁了，传闻陛下似乎有了废东宫而立晋王的意思，杨都督与东宫的前途已是相当的不妙啊！”
杨文干脸色一阵铁青，然后一拳击在了桌面上，然后叫人将宇文颖带了下去，随后升帐召集将领，沉声道：“陛下昏庸，现在打算行废黜之事，太子地位不保，我们都是从东宫出来的人，不能坐视不理，为今之计，唯有起兵清君之侧了！”
武德四年四月，杨文干于庆州起兵造反。消息传到仁智宫后，李渊立即就先行派遣了左武卫将军钱九陇和灵州都督杨师道进击杨文干。
四月十六日，李渊传召李隐商量杨文干叛乱之事。
李隐道：“杨文干这竖子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。”
李渊道：“不能这样，杨文干的事情关连着建成，朕恐怕响应他的人为数众多，你最好亲自前往平叛。”
李隐听后，便答应了下来，准备亲自率兵马去讨伐杨文干。
仁智宫建造在山中，李渊担心杨文干的乱兵会突然发难而至，便连夜率领担任警卫的军队从南面开出山来。
走了数十里地的时候，太子东宫所属的官员相继到来，李渊让大家一概以三十人为一队，分派军队包围、看守着他们，第二天，李渊才又返回仁智宫。